Akibat aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan hidup di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta untuk Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan pendidikan di universitas terkemuka di Amerika Serikat, meskipun prestasi sekolahnya yang tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh dinas intelijen.
Pendidikannya berlanjut di American School di London, di mana Prabowo excel sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Terutama, selama masa ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
